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Adottato nel luglio 1988, lo statuto del premio Sacharov prevedeva inizialmente che i vincitori ricevessero 5.000 ECU e che chiunque potesse candidarsi, indipendentemente dalla nazionalità e dal luogo di residenza. Il Parlamento europeo avrebbe anche facilitato la pubblicazione delle opere scritte del vincitore. Le candidature al premio Sacharov richiedevano inizialmente il sostegno di almeno 25 deputati, in seguito la commissione politica del Parlamento europeo proponeva una rosa di tre candidati all'Ufficio di presidenza allargato, se del caso previa consultazione dello stesso Sacharov. Spettava poi all'Ufficio di presidenza scegliere il candidato finale. Il premio Sacharov veniva consegnato durante una sessione plenaria dal Presidente del Parlamento. Negli anni, il valore del premio è gradualmente aumentato fino a giungere a 50.000 euro, in riconoscimento dell'importanza di coloro che lottano per i diritti umani in tutto il mondo.
Ma sarebbero seguiti anche altri cambiamenti. Nel 2003 sono state apportate importanti modifiche allo statuto del premio Sacharov sulla base delle proposte del deputato tedesco Elmar Brok, l'allora presidente della commissione per gli affari esteri, i diritti umani, la sicurezza comune e la politica di difesa. Per ampliare la portata del premio, si è deciso di attribuirlo per una particolare realizzazione (produzione intellettuale o artistica, impegno o azione) nel campo della difesa dei diritti umani e delle libertà fondamentali, in particolare la libertà di espressione.
Il premio diviene così un riconoscimento anche per la tutela dei diritti delle minoranze, il rispetto del diritto pubblico internazionale, lo sviluppo della democrazia e l'affermazione dello Stato di diritto. Le candidature possono essere appoggiate da un gruppo politico anche se i singoli deputati possono sostenere una sola candidatura. Infine, spetta ora alla commissione per gli affari esteri del Parlamento proporre tre candidati alla Conferenza dei presidenti, composta dal Presidente del Parlamento e dai capi dei gruppi politici, che nomina il vincitore finale. Con gli allargamenti dell'Unione europea e il conseguente aumento del numero dei deputati, ogni candidatura deve avere il sostegno di 40 deputati.
